Awal mula hadirnya Gereja Klepu sebagai tempat peribadatan bermula dari didirikannya sekolah tingkat dasar untuk rakyat. Sekolah tingkat dasar pertama didirikan oleh Rm. Strater, SJ, seorang misionaris Jesuit, pada tahun 1912. Latar belakang pendirian sekolah ini ialah adanya keprihatinan terhadap tingginya jumlah penduduk pribumi yang masih buta huruf.

Umat Katolik awal berasal dari orang-orang yang bekerja sebagai kuli di perkebunan tebu milik tuan-tuan berkebangsaan Belanda. Para kuli yang sudah di sekolahkan akan naik pangkat menjadi mandor. Pastor F. Strater, SJ mengajar mereka untuk membaca dan menulis. Sebagian dari mereka yang tertarik dengan iman Kristiani kemudian memeluk agama Katolik. Sebulan sekali mereka mengikuti magang di Kotabaru.

Baptisan pertama terjadi pada tahun 1916. Thomas Sogol dari Kaliduren menjadi orang pertama yang dibaptis. Selang 3 tahun setelah baptisan pertama, pada tahun 1919 baru ada satu orang lagi yang dibaptis. Kemudian tahun 1921, terdapat satu orang lagi yang dibaptis. Lalu terdapat baptisan lagi tahun 1923, meningkat ada 7 orang dibaptis.

Melihat semakin tingginya minat masyarakat untuk bersekolah, Rama Strater mendirikan sekolah lanjutan untuk SR. Sekolah yang masa studinya 2 tahun ini (kelas 4 dan kelas 5) dinamakan Vervolgschool (VVS). VVS yang pertama ini didirikan di Ngijon, menumpang di rumah penduduk sebelah utara Pasar Ngijon. Kesempatan memperbaiki status sosial ekonomi lebih terbuka bagi para lulusan VVS. Tidak seperti para lulusan VS yang hanya menjadi mandor, para lulusan VVSS bisa bekerja sebagai pegawai rendah di kantor pemerintah, pasar, pegadaian, dan instansi lain.

Kepala sekolah VVS yang pertama, Y.Tedjo Sastraatmadja merelakan rumahnya di Gedongan sebagai Kapel untuk berdoa dan magang Baptis. Karena banyak murid VVS yang menjadi Katolik, ajaran Katolik menyebar ke daerah-daerah asal para murid VVS. Masyarakat yang tertarik menjadi Katolik pun semakin banyak seiring dengan semakin banyaknya yang bersekolah di VVS Ngijon.

Dalam kurun waktu 10 tahun dari tahun 1919 sampai tahun 1929, tercatat ada sekitar 150 orang yang dibaptis. Perkembangan umat Katolik tetap berbasis pada perkembangan sekolah. Karena kebutuhan tenaga pengajar maka didirikan Volksonderwys (VO). VO adalah kursus 2 tahun bagi lulusan VVS yang berminat menjadi guru. Setelah mengikuti VO selama 2 tahun, para lulusannya bisa mengajar di VS.

Tahun 1926, VVS Ngijon dipindahkan ke Klepu. VVS di Klepu menempati gedung milik sendiri. 3 tahun kemudian (tahun 1929) didirikan bangunan gereja di depan gedung VVS. Bangunan gereja di Klepu ini menggantikan kapel di Gedongan yang telah ada sebelumnya karena dianggap terlalu sempit.

Gereja baru yang terletak di Klepu diberkati Vikaris Apostolik (Vikep) Batavia, Mgr. Petrus van Wilkens, SJ pada tanggal 25 Agustus 1929. Stasi Klepu – Ngijon mendapatkan santo pelindung Santo Petrus dan Santo Paulus yang diperingati pada setiap 29 Juni. Maka perayaan ulang tahun gereja juga dilaksanakan pada tanggal tersebut.