Museum ini semula bernama Museum Borneo yang didirikan oleh Pemerintah Belanda pada tahun 1907 di Banjarmasin. Akibat masuknya penjajahan Jepang, Museum Borneo berakhir dan dilanjutkan pencetusannya oleh Gubernur Milono dengan didirikannya Museum Kalimantan pada tanggal 22 Desember 1955. Separuh dari koleksi museum ini merupakan kepunyaan Kiai Amir Hasan Bondan Kejawen sebagai salah satu Bapak Pioneer Museum.

Didahului dengan diselenggarakannya Konferensi Kebudayaan pada tahun 1957 di Banjarmasin, yang sepuluh tahun kemudian (1967) diresmikan berdirinya kembali museum yang diberi nama Museum Banjar. Museum Banjar berakhir dan koleksinya dipindahkan ke Museum Lambung Mangkurat bertempat di Banjarbaru tepatnya di jalan Jenderal Achmad Yani KM 35,5 Kelurahan Banjarbaru Utara. Museum Lambung Mangkurat mulai dibangun pada tahun 1974 dan diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Daoed Joesoef pada tanggal 10 Januari 1979.

Koleksi Museum Lambung Mangkurat terdiri dari Kitab Injil beraksara Arab-Melayu yang disebarkan Belanda di Kalimantan Selatan dan Mahkota pemain Wayang Gungyang disebut katopong.