Pada awalnya bangunan ini merupakan rumah tinggal seorang janda penguasa perkebunan Belanda bernama Mas Ajeng Ramsinah. Bangunan model indis ini didirikan tahun 1915. Bangunan ini tercatat dalam buku register Kraton Yogyakarta tanggal 26 Mei 1926 dengan nomor Angka 1383/1.H. Bangunan ini berdiri di atas tanah seluas 5.594 m² dibeli atas nama Ki Hadjar Dewantara, Ki Sudarminto, Ki Supratolo dari Mas Ajeng Ramsinah pada tanggal 14 Agustus 1935 dengan harga pembelian f 3.000, 00 (tiga ribu Gulden) meliputi persil yang berlokasi di tempat tersebut beserta perabot rumah tangga. Pada tanggal 18 Agustus 1951 pembelian rumah tersebut dihibahkan kepada Yayasan Persatuan Tamansiswa.

Pada tanggal 3 November 1957 bertepatan dengan perkawinan emas Ki Hadjar Dewantara, beliau menerima persembahan bakti dari para alumni dan pecinta Tamansiswa berupa rumah tinggal di Jalan Kusumanegara 131 yang diberi nama Padepokan Ki Hadjar Dewantara. Pada saat rapat pamong Tamansiswa tahun 1958, Ki Hadjar mengajukan permintaan kepada sidang agar rumah bekas tempat tinggalnya di komplek perguruan Tamansiswa Jalan Tamansiswa 31 dijadikan museum. Setelah Ki Hadjar Dewantara wafat pada tanggal 26 April 1959, mulai tahun 1960, Tamansiswa berusaha mewujudkan gagasan almarhum Ki Hadjar Dewantara. Pada tahun 1963 dibentuklah panitia pendiri Museum Tamansiswa yang terdiri dari : Keluarga Ki Hadjar Dewantara, Majelis Luhur Persatuan Tamansiswa, Sejarawan, dan Keluarga Besar Tamansiswa.

Pada tanggal 11 Oktober 1969, Ki Nayono menerima surat pribadi dari Nyi Hadjar Dewantara. Dengan surat tersebut Ki Nayono tergugah untuk segera meminta perhatian kepada Majelis Luhur agar bekas tempat tinggal Ki Hadjar yang sudah dinyatakan sebagai Dewantara Memorial segera dijadikan museum. Bertepatan dengan Hari Pendidikan Nasional tanggal 2 Mei 1970, museum diresmikan dan dibuka untuk umum. Upacara peresmian dan pembukaan dilakukan oleh Nyi Hadjar Dewantara, Pemimpin Umum Persatuan Tamansiswa. Museum diberi nama Dewantara Kirti Griya. Nama tersebut pemberian dari seorang ahli bhasa Jawa, Bapak Hadiwidjono, yang artinya rumah yang berisi hasil kerja Ki Hadjar Dewantara. Peresmian museum ditandai dengan candrasengkala yang “ Miyat Ngaluhur Trusing Budi” yang menunjukkan angka 1902 (Saka) atau 2 Mei 1970. Adapun makna yang terkandung didalamnya yakni melalui museum para pengunjung diharapkan dapat mempelajari, memahami dan kemudian mewujudkan nilai-nilai yang terkandung didalamnya ke dalam tata kehidupan berbangsa dan bernegara. Di museum inilah awal lahirnya Badan Musyawarah Musea (Barahmus) Daerah Istimewa Yogyakarta tahun 1971 yang dipimpin Mayor Supandi sebagai ketua I dan pada bulan Mei 2007 , kantor Barahmus dipindah ke Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta.

Bangunan museum ini menghadap ke arah barat (jalan Tamansiswa). Bangunan ini bergaya indis. Pada bagian depan merupakan bangunan dengan atap berbentuklimasan dan bangunan belakang atapnya berbentuk kampung. Bangunan museum Dewantara Kirti Griya terdiri dari 9 bagian, yaitu ruang tamu, kamar kerja, ruang tengah, kamar tidur keluarga, kamar tidur putri Ki Hadjar Dewantara, kamar tidur Ki Hadjar Dewantara, emperan, kamar mandi/wc, dan dapur.

Sumber: http://kebudayaan.kemdikbud.go.id/bpcbyogyakarta/2014/07/24/menguak-sejarah-museum-dewantara-kirti-griya/