Candi Kedulan terletak di Dusun Kedulan, Desa Tirtomartani, Kecamatan Kalasan, Kabupaten Sleman, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Candi Kedulan berada di tanah kas desa di Bulak Perung. Secara geografis candi ini terletak pada 07º 044’ 28” LS dan 110º 28’ 05” BT dengan ketinggian antara 167,640 – 168.356 m di atas permukaan air laut. Adapun batas – batas  Situs Kedulan di sebelah barat adalah Sungai Wareng, sebelah timur adalah Dusun Segaran, sebelah selatan adalah Dusun Plasan, dan sebelah utara adalah perumahan penduduk.

Sungai Wareng yang berjarak sekitar 500 m di sebelah barat adalah salah satu sungai yang mengalirkan air dari utara ke selatan sepanjang tahun, dan saat musim penghujan permukaan air sungai naik mendekati permukaan tanah sehingga mempengaruhi permukaan air bawah tanah yang menjadi dangkal. Hal ini akan menimbulkan masalah bagi pelestarian candi, karena candi akan terendam air di musim penghujan.

Berdasarkan penemuan dua buah prasasti yaitu Sumuņdul  dan panangaran dapat diketahui sejarah Candi Kedulan. Tulisan dalam prasasti tersebut memakai huruf serta bahasa Jawa Kuna berangka tahun 791 Saka (869 M). Kedua prasasti ini telah berhasil dibaca, diterjemahkan, dan diinterpretasikan oleh Drs. Cahyono Prasodjo MA dan Dr. Riboet Darmosutopo dari Fakultas Ilmu Budaya UGM. Isi kedua prasasti tersebut adalah adanya sebuah dawuhan (dam) yang dipergunakan oleh masyarakat dari 2 desa (Panangaran dan Parhyangan) yang kemudian adanya kewajiban membayar pajak. Hal ini menunjukkan bahwa masyarakat pada masa itu sudah mengenal manajemen irigasi dan pemanfaatannya dalam pertanian.

Secara pasti belum ditemukan data tentang  kapan pendirian Candi Kedulan apakah yang dimaksud dengan bangunan suci Tiwa(ga)haryyan itu adalah Candi Kedulan. Sampai saat ini juga belum ditemukan data mengenai waktu pendirian bangunan suci Tiwagaharyyang  atau “Candi Kedulan“, namun angka tahun 791 Saka atau 859 M yang terdapat dalam kedua prasasti dapat dijadikan sebagai kerangka waktu pendirian bangunan Candi Kedulan.

Secara vertikal, Candi Kedulan terdiri atas tiga bagian, yaitu kaki candi, tubuh candi, dan atap candi. Kaki Candi Kedulanberdenah bujur sangkar dengan ukuran 12.05 x 12.05 m dan tinggi 2.72 m dengan penampil di sebelah timur yang berfungsi sebagai tangga masuk, dengan pipi tangga berhiaskan makara. Kaki candi mempunyai selasar dengan pagar langkan. Pada lantai selasar di setiap sudutnya ditemukan umpak tertutup, sedangkan pada sisi tengahnya ditemukan umpak.

Hal yang paling menarik adalah adanya penambahan ketinggian lantai selasar dengan menambah satu batu, sehingga lantai bilik lebih rendah dari lantai selasar. Pada pintu gapura juga terdapat penambahan satu batu, sehingga pintu menjadi lebih sempit.

Tubuh candi induk mempunyai ukuran lebih kecil dari kaki candi, yaitu 4 x4 m dengan tinggi 2.6 m. Tubuh candi mempunyai bilik yang berisi lingga dan yoni dengan pintu masuk di sebelah timur, sedangkan pada kanan kiri pintu masuk terdapat relung berisi Arca Mahakala dan Nandiswara. Cerat yoni mengarah ke utara dan pada dinding utara di bawah relung ditemukan lubang (saluran air) menuju selasar. Pada dinding candi selatan, barat, dan utara terdapat relung dengan tangga naik dari selasar menuju dasar relung.

Bagian atas relung berhiaskan kala tanpa rahang bawah, di kanan kiri relung berhiaskan pilaster dengan motif dedaunan dan makara. Arca relung sisi selatan belum ditemukan, relung sisi barat berisi Ganesa, relung sisi utara berisi Durga. Dari hasil rekonstruksi diketahui bahwa bangunan Candi Kedulan mempunyai sebuah candi utama berdenah bujur sangkar dan tiga buah candi perwara di sisi timur candi utama. Selain candi utama dan tiga buah candi perwara, masih diperkirakan bahwa candi ini memiliki pagar halaman I dan II, tetapi sampai sekarang baru ditemukan pagar halaman I sisi utara dan selatan.

Data-data batu candi yang berhasil dikumpulkan sudah mencapai 85 % dan sudah dilakukan penyusunan percobaan, sehingga candi utama sudah bisa direkonstruksi secara lengkap. Kondisi Candi Kedulan saat ini berada di bawah permukaan tanah pada kedalaman +  8.36 m.

Candi Kedulan ditemukan dalam keadaan runtuh dan terbenam oleh lahar vulkanik dan sedimen setebal 8 m yang tersusun atas 15 lapisan sedimen. Candi tersebut pertama kali ditemukan pada tanggal 24 September 1993 pada saat penambang pasir sedang menggali tanah untuk tanah urug, selanjutnya pada kedalaman + 3 m mereka menemukan susunan batu-batu candi. Penemuan tersebut dilaporkan ke kantor Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala Daerah Istimewa Yogyakarta (sekarang BP3 Yogyakarta). Candi Kedulan mempunyai latar belakang agama Hindu. Hal ini berdasarkan temuan-temuan hasil penggalian antara lain: Lingga-Yoni, Arca Durga, Arca Nandiswara, arca Mahakala, Arca Ganesa, Arca Agastya, Prasasti Sumundul dan Panangaran.

Berdasarkan laporan tentang adanya penemuan candi, BP3 Yogyakarta kemudian menindaklanjuti dengan serangkaian kegiatan Ekskavasi Penyelamatan (Rescusce Excavation), pengumpulan data, dan anastilosis yang dilaksanakan dari tahun 1993 sampai dengan tahun 2001. Kemudian dilanjutkan dengan Studi Kelayakan yang dilaksanakan oleh Balai Pelestaraian Peninggalan Purbakala Yogyakarta bekerja sama dengan Dinas Kebudayaan dan Pariwisata  Kabupaten Sleman  pada tahun 2002. Berdasarkan data yang ada,  kegiatan studi kelayakan menyimpulkan bahwa candi induk Kedulan layak dipugar. Pemugaran didahului dengan kegiatan Studi Teknis Arkeologis termasuk di dalamnya perencanaan pemugaran yang juga meliputi penataan lingkungannya.

Berdasarkan stratigrafinya, Candi Kedulan telah mengalami beberapa kali penimbunan oleh material Gunung Merapi.