Gereja Kristus Yesus didirikan pada tahun 1945 dengan nama  Chung Hua Chi Tuh Chiao Hui atau CHCTCH. Berdirinya gereja tersebut dilatarbelakangi kebutuhan pelayanan kebaktian dalam bahasa Tionghoa. CHCTCH yang telah berganti nama menjadi Gereja Kristus Yesus Jemaat Mangga Besar pada tahun 1963 berada di Jalan Mangga Besar I no. 74, Jakarta Barat. Banyak pihak yang dilibatkan dalam pembangunan maupun kegiatan pelayanan yang dilakukan dalam gereja sehingga masih bisa melayani jemaat sampai sekarang..

Posisi dari gereja itu sendiri unik karena bersebelahan dengan Majelis Taklim (MT) Al-Furqan yang merupakan tempat ibadah umat muslim dan di belakangnya terdapat Klenteng Lu Jiang Yang untuk tempat beribadah umat yang beragama Buddha. Dengan demikian Gereja Kristus Yesus Jemaat Mangga Besar tidak hanya melayani umat yang seagama, namun juga bisa menjangkau mereka yang berbeda kepercayaan, suku, ras, dan budaya. Hal tersebut tidak hanya diterapkan dengan lingkungan sekitar gereja, namun juga pada sisi internal, contohnya Gereja Kristus Yesus Jemaat Mangga Besar terbuka untuk siapapun yang mau beribadah di gereja tersebut terlepas dari latar belakang mereka, sebab gereja berprinsip bahwa semua orang sama di mata Tuhan.

Dalam hal pelayanan gereja tidak tertutup hanya pada jemaatnya di Mangga Besar saja, oleh karena itu didirikan Jemaat Kristus Yesus pada tahun 2002 sebagai wadah untuk mempermudah pelayanan di berbagai daerah di Indonesia, seperti GKY Singkawang, GKY Jambi, GKY Sunter, GKY Kuta Bali, GKY Yogyakarta, dan juga yang ada di luar negeri, seperti GKY Sydney dan GKY Guangzhou. Selain pelayanan dalam ibadah, gereja juga aktif terlibat dalam kegiatan sosial, seperti mengumpulkan dana untuk membeli sendal jepit dan dikirimkan ke daerah yang kekurangan,  menyelenggarakan kegiatan donor darah, dan membiayai uang sekolah anak-anak yang berasal dari keluarga yang kurang mampu. 

Gereja-gereja yang telah berdiri semuanya dibawah koordinasi Jemaat Kristus Yesus untuk mengembangkan pelayanan ibadah di seluruh indonesia dan juga menyelenggarakan berbagai kegiatan sosial sebagai bentuk kepeduliannya pada pentingnya kemanusiaan dan toleransi beragama yang kuat. Oleh karena itu, gereja akan selalu berusaha agar setiap orang terlepas dari suku, ras, agama, dan budaya bisa merasakan berkat Tuhan yang luar biasa tanpa dipengaruhi latar belakang mereka.

#OSKMITB2018