Gereja Kristen Jawa (GKJ) Pakem Kertodadi adalah salah satu gereja di bawah naungan sinode Gereja Kristen Jawa, yang terletak di Jalan Kaliurang km. 18,5, Padukuhan Kertadadi, Kalurahan Pakembinangun, Kapanewon Pakem, Kabupaten Sleman, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Awal mula pertumbuhan jemaat gereja ini berkaitan dengan keberadaan Rumah Sakit Paru-Paru Pakem, cabang dari Rumah Sakit Petronela (Tulung), yang didirikan di wilayah Hargobinangun. Sebelum tahun 1945, kegiatan keagamaan umat Kristen diadakan secara sederhana dalam bentuk renungan atau kebaktian pagi yang berlangsung di klinik maupun apotek rumah sakit yang dikenal dengan nama "Loteng". Para perawat di rumah sakit tersebut juga melakukan pelayanan kesehatan ke dusun-dusun di sekitarnya, yaitu Tanen, Sidorejo, Purworejo, dan Banteng.

Menurut Notula Rapat Gerejawi, jemaat gereja ini mengadakan penetapan majelis yang pertama kali pada 21 April 1945. Tanggal tersebut lantas disepakati sebagai hari jadi GKJ Pakem Kertodadi. Sekitar tahun 1948/1949, dimulailah pembangunan fisik gereja di Ngangkruk (Kertodadi), dengan bantuan para warga setempat dan karyawan RS Sanatorium. Sebelum pembangunan selesai, para jemaat melaksanakan kebaktian di gedung pertemuan milik RS Sanatorium, yang kemudian dikenal sebagai Gereja Kristen Jawa Pakem Taman Lansia Ceria.

Pendeta pertama gereja ini adalah Rekso Subroto dari Salatiga yang ditahbiskan pada 1955. Saat itu, dia tinggal di rumah Martowiyoto (sekarang milik Tri Yunondro) yang difungsikan sebagai pastori sementara. Pada 1963, Rekso Subroto dipindahtugaskan ke Bandung. Selanjutnya, jemaat gereja dibimbing oleh Suroso Putro dari Semarang, yang ditahbiskan pada 5 Juni 1980 sebagai pendeta kedua. Pendeta ketiga gereja ini adalah Esti Widiastuti, yang ditahbiskan pada 27 Desember 2001 dan masih melayani hingga saat ini. Gereja tersebut kini memiliki tiga tempat ibadah, yaitu di Panti Asih, Selorejo, dan Tanen, dengan jumlah anggota jemaat sekitar 500 orang.