Raja Ampat berarti “Empat Raja”, julukan yang berasal dari abad ke 15 yaitu ketika salah satu Sultan Islam dari Tidore menunjuk 4 raja lokal di Waigeo, Batanta, Salawan, dan Misool. Kemudian 4 pulau itu menjadi wilayah administrative Provinsi Papua Barat dan Waigeo menjadi ibukota Kabupaten Raja Ampat.Peradaban kuno di Raja Ampat dapat ditemukan di beberapa peninggalan sejarah seperti misalnya lukisan dinding batu di beberapa gua di Pulau Misool.Lukisan dinding batu kuno inidiperkirakan dilukis pada 2000 tahun yang lalu. Di kawasan gugusan Misool ditemukan peninggalan prasejarah berupa cap tangan yang diterakan pada dinding batu karang. Uniknya, cap-cap tangan ini berada sangat dekat dengan permukaan laut dan tidak berada di dalam gua. Menurut perkiraan, usia cap-cap tangan ini sekitar 50.000 tahun dan menjadi bagian dari rangkaian petunjuk jalur penyebaran manusia dari kawasan barat Nusantara menuju Papua dan Melanesia.
Kabupaten yang memperingati Hari Ulang Tahun setiap tanggal 9 Mei ini sekarang merupakan sebuah Kabupaten di Propinsi Papua Barat yang dimekarkan dari Kabupaten Sorong pada tahun 2003. Bila kita lihat peta Propinsi Papua Barat maka letak Kabupaten ini terletak di kepulauan sebelah barat paruh burung pulau papua. Kabupaten Raja Ampat terdiri dari kurang lebih 610 pulau yang memiliki panjang total tepi pantai 753 km. Pusat pemerintahan dan sekaligus Ibukota bagi Kabupaten Raja Ampat adalah sebuah kota yang terletak di Pulau Waigeo, yaitu kota Waisai. 

http://www.adatnusantara.web.id/2017/08/peninggalan-sejarah-di-provinsi-papua.html