Menurut cerita rakyat yang beredar di masyarakat luas, dulu gua itu tempat persembunyian Brandal Lokajaya atau Raden Mas Syahid (kemudian bernama Sunan Kalijaga), putera Bupati Wilatikta Tuban, sewaktu masih gernar bertingkah sebagai seorang penyamun. Cerita lain mengatakan gua itu tempat berkumpul dan bermusyawarah para wali (Wali Songo).

Menurut keterangan K.H. Abdurrahman Wahid (Gus Dur), bahwa di Gembul dulunya pernah dipakai sebagai tempat berkumpulnya tentara rakyat yang dipimpin Sunan Bonang dengan panglimanya Sayyid Abdurrahman yang terkenal dengan nama Ki Ageng Ganjur (masih leluhur Gus Dur). Ki Ageng Ganjur hidup saat Kerajaan Majapahit akan jatuh. Dulu berkumpulnya di Gembul. Ia diberi nama Ki Ageng Ganjur, konon ia menggunakan “genjur” yaitu sejenis alat gamelan untuk mengomando pasukan. Ki Ageng Ganjur ini ditunjuk sebagai panglima perang Wali Songo sebab ia paling mahir membuat jembatan. Disamping itu, tentara Wali Songo yang akan menyerbu Majapahit itu harus menyeberangi dua sungai besar, yaitu Sungai Brantas dan Bengawan Solo.

Ki Ageng Ganjur ini, meski sudah jadi penglima perang, namun ia dalam perjuangannya tetap melanjutkan adatnya para ulama di Tanah Jawa. Ulama itu tradisinya membentuk kekuatan sendiri di masyarakat.Sekarang beliau dimakamkan di Kecamatan Gubug, Kabupaten Grobogan (Jawa Tengah).Demikian keterangan Gus Dur pada saat menjadi Presiden Republik Indonesia hadir dalam acara Haul Buyutnya KH Asy’ari yang dimakamkan di Desa Keras, Kecamatan Diwek, Jombang, tahun 2001.Haul diadakan di Pesantren Al Asy’ari Jombang.

Sumber: https://situsbudaya.id/situs-gua-gembul-kabupaten-tuban/