Museum ini berbentuk segi delapan dibangun tahun 1813 oleh seorang arsitektur asal Cina. Berlokasi di bukit Limau dengan bentuk menyerupai seekor singa yang sedang duduk bertopang dengan kedua kaki depannya menghadap ke laut dan dilatarbelakangi Gunung Gamalama. Dari sinilah sejarah pemerintahan Kesultanan Ternate yang pertama dimulai hingga mencapai kejayaannya lalu kemudian direnggut oleh bangsa kolonial.

Di antara koleksi berbagai peninggalan bangsa Eropa, museum ini juga memiliki sebuah mahkota yang unik dan sakral yang tidak dimiliki istana lainnya di Indonesia, bahkan di dunia. Itu karena mahkota ini memiliki rambut yang dapat tumbuh layaknya manusia sehingga menjadi satu kewajiban untuk melakukan upacara ritual istampa atau pemotongan rambut mahkota setiap satu tahun sekali setiap hari raya Idul Adha. Mahkota ini diperkirakan telah berumur 500 tahun sejak sultan yang pertama berkuasa. Museum Memorial Kedaton Sultan Ternate memiliki banyak koleksi mulai dari benda geologi, arkeologi, etnografi, sejarah, numismatik/heraldik, filologi, teknologi, seni rupa, hingga keramik.

Dibangun 24 November 1813 oleh Sultan Muhammad Ali dengan luas bangunan 1500 m² di atas tanah seluas 1,5 ha. Sejak 1981 pengelolaan bangunan diserahkan kepada Departemen Pendidikan dan Kebudayaan meskipun dalam kesehariannya masih digunakan sebagai kediaman Sultan. Tempat ini baru tahun 1982 diresmikan Menteri kebudayaan saat itu, Daud Joesoef.